No regime tributário do Lucro Presumido, os médicos, clínicas e consultórios são tributados com base em uma alíquota final que varia de 13,33% a 16,33% sobre o faturamento bruto, sendo composta por IRPJ (4,80%), CSLL (2,88%), PIS (0,65%), COFINS (3%), ISS (de 2% a 5% dependendo do município).
O Lucro Presumido é um dos três regimes tributários possíveis, junto com Lucro Real e Simples Nacional. Normalmente, a opção da maioria dos médicos que estão iniciando uma clínica ou precisam de um CNPJ para prestar serviço a outras pessoas jurídicas, como hospitais, planos de saúde, clínicas, laboratórios, recai sobre o Simples Nacional. O Simples Nacional é um regime simplificado, com carga tributária reduzida e menor burocracia.
Porém, é importante ter o suporte de um escritório de contabilidade para realizar um planejamento tributário consistente e acertar na escolha do regime tributário para pagar os menores impostos possíveis dentro da legislação. Em alguns casos a melhor opção é realmente o Simples Nacional, mas em outras o Lucro Presumido é mais econômico. Isso tudo vai depender principalmente da curva do faturamento e também das atividades exercidas e da natureza da sociedade médica (simples, empresarial ou unipessoal).