Além do Imposto de Renda (IRPJ) e Contribuição Previdenciária (INSS) existem dois impostos específicos sobre prestação de serviços: o Imposto Sobre Serviços (ISS), de natureza municipal, e o Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Serviços (ICMS), de natureza estadual. Quando um deles incide sobre a atividade que a empresa desenvolve, o outro não é cobrado.
Como via de regra as empresas prestadoras de serviços estão sujeitas ao pagamento de impostos quanto comércio e indústrias. Dependendo do tipo de atividade, o tributo específico sobre o serviço prestado pode mudar.
No Simples Nacional, o anexo que compreende a tributação da maioria das atividades é o III. Nele, o ISS, dividido por faixas de faturamento, vai de 2% a 5% — aumentando conforme a receita da empresa. Quando enquadrada neste anexo, as alíquotas efetivas sobre o faturamento de serviços vão de 6% a 17,42%. Já no Anexo IV, apesar de o ISS embutido ser o mesmo que há no Anexo III, os percentuais efetivos ficam entre 4,5% e 16,85%.
Já no Lucro Presumido é considerada uma parte do faturamento como lucro de acordo com as atividades. Para os serviços, as alíquotas são as seguintes:
| Atividades | Alíquota |
| transporte de cargas e serviços hospitalares | 8% |
| para serviços em geral e transporte que não seja de cargas | 16% |
| serviços de formação técnica e/ou acadêmica, como advocacia e contabilidade, intermediação de negócios, construção civil e administração ou locação de bens móveis ou imóveis | 32% |
O ISS (municipal) fica entre 2% e 5%, a depender da cidade, ao mês sobre o faturamento bruto. Caso a atividade seja de transporte de cargas entre cidades e estados, paga-se o ICMS interno do estado, entre 17% e 20% em todo o Brasil.
